关于Fantom5项目中启动子和增强子RNA的区分
The FANTOM5 project
FANTOM（Functional Annotation of The Mammalian Genome）
FANTOM 是一个国际研究联盟，由 Hayashizaki 博士及其同事于 2000 年成立，旨在为 RIKEN 小鼠百科全书项目期间收集的全长 cDNA 分配功能注释。FANTOM 已经随着时间的推移而发展和扩展，以涵盖转录组分析领域。该项目的目标是在生命系统的各个层次上稳步上升，从而从对“元素”——转录本——的理解发展到对“系统”——转录调控网络的理解，换句话说，“系统”的个体生命形式。
FANTOM 现在是该项目的第 6 版。每个版本的项目页面如下：
FANTOM6 - 非编码 RNA 的功能分析
FANTOM5 - 哺乳动物启动子、增强子、lncRNA 和 miRNA 的图谱
FANTOM4 - 了解转录调控网络
FANTOM3 - 哺乳动物基因组的转录景观
FANTOM2 - 约 60,000 只小鼠全长 cDNA 集合的功能注释
FANTOM1 - 约 20,000 只小鼠 cDNA 集合的初始功能注释
所以，如何在转录组中确定增强子序列呢？
根据增强子双向转录的特性，可以利用双向CAGE-seq技术将染色质开放区的增强子与启动子区分开。
参考：https://pressto.binf.ku.dk/about.php#h_enhancers_description_long