Minimac imputation的单倍型质量HDS

Minimac推断的基因型数据集中通常包括三个值GT:DS:HDS，依次分别为基因型、HDS（估计的单倍型中alternate allele的剂量）、DS（估计的alternate allele的剂量）

DS的计算

$DS = P(0/1)+2\times{P(1/1)}$

关于HDS值
对于二倍体生物来说，HDS值包括两项：一项为父系来源的单倍型，在左侧；另一项为母系来源的单倍型，在右侧。比如一个位点，ref 为 A，alt 为 G，minimac推断该样本该位点的基因型为0|1，那么该位点的HDS两个值依次对应于“0”（父系来源）和“1”（母系来源）中 alternate allele的剂量。
以下是各种基因型HDS值需要满足的条件(设父系来源的等位基因HDS值为$HDS_{father}$，母系来源的等位基因HDS值为$HDS_{mother}$)：

1. $0|0 = \begin{cases}HDS_{father} < 0.5 \\HDS_{mother} < 0.5 \end{cases}$

2. $0|1 = \begin{cases}HDS_{father} < 0.5 \\HDS_{mother} > 0.5 \end{cases}$

3. $1|0 = \begin{cases}HDS_{father} > 0.5 \\HDS_{mother} < 0.5 \end{cases}$

4. $1|1 = \begin{cases}HDS_{father} > 0.5 \\HDS_{mother} > 0.5 \end{cases}$

References:
https://genome.sph.umich.edu/wiki/Minimac4_Documentation