一款基于permutation tests的基因组区域关联分析计算软件

关于permutation tests的介绍，可以见https://socrates1100.github.io/post/permutation-test/
本文主要侧重介绍它的基本函数功能。

1. permTest

pt <- permTest(A=my.regions, B=target.regions, randomize.function=randomizeRegions,
  evaluate.function=numOverlaps)

A是参考基因组区域；B指感兴趣的研究区域。这个函数会计算B intervals在A中的富集程度，即B与A overlap的intervals数目相较于随机背景，是否具有显著高或低的差异。
该函数采用$evaluate.function=meanInRegions$常用来检验指定的基因组区域是否具有更高的甲基化水平

2. overlapPermTest

set.seed(123)
overlapPermTest(A, B, ntimes=10, mc.set.seed=FALSE, force.parallel=TRUE)

为了保证代码多线程运行时，结果的可重复性。需要在函数开始前设置一次随机数，在函数内部关闭随机数生成。这个函数相当于permTest函数采用了$evaluate.function=numOverlaps$

3. localZScore

lz <- localZScore(A=A, B=B, pt=pt, window=10*mean(width(A)), step=mean(width(A))/2 )

References:
https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/regioneR/inst/doc/regioneR.html#how-to-perform-a-permutation-test-with-regioner